Οι θηλυκοί Ninja αναφέρονται στην Bansenshukai, ένα ιαπωνικό βιβλίο του 17ου αιώνα που συντάσσει τις γνώσης των οικογενειών στις περιοχές Iga και Koga και είναι αφιερωμένο στην εκπαίδευση των ninja. Σύμφωνα με το έγγραφο αυτό, η κύρια λειτουργία της γυναίκας Νinja ήταν απλής κατασκοπείας, μέσω νόμιμων θέσεων υπηρεσίας στα νοικοκυριά των εχθρών, ώστε να συσσωρεύσει γνώση παράλληλα με την απόκτηση εμπιστοσύνης ή να ακούει τις συνομιλίες.
Ένα ιστορικά αποδεκτό παράδειγμα αυτού είναι η Mochizuki Chiyome, η σύζυγος ενός πολέμαρχου σαμουράι, του 16ου αιώνα, που της ανατέθηκε από το θείο της μέσω της πρόσληψης γυναικών, η δημιουργία ενός υπόγειου δικτύου γυναικών πρακτόρων κατασκοπείας.
Η Chiyome προσέλαβε αρκετές νέες γυναίκες που είχαν πρόσφατα ορφανέψει, πόρνες ή τα θύματα των εμφυλίων πολέμων της περιόδου Sengoku. Προσέλαβε επίσης και κορίτσια που είχαν χαθεί ή εγκαταλειφθεί. Πολλοί άνθρωποι πίστευαν ότι βοηθούσε τις γυναίκες αυτές, δίνοντάς τους την ευκαιρία να ξεκινήσουν μια νέα ζωή. Αλλά στην πραγματικότητα, είχαν εκπαιδευτεί για να γίνουν εξαιρετικά ικανές στη συλλογή και επιβεβαίωση πληροφοριών, στην αποπλάνηση, στην μετάδοση πληροφοριών και, όταν ήταν αναγκαίο, στο να δολοφονήσουν.
Τα κορίτσια μάθαιναν όλες τις ικανότητες ενός Miko (ιερή παρθενική Σίντο ή μια περιπλανητικά θηλυκή σαμάνος), η οποία τους επέτρεψε να ταξιδέψουν οπουδήποτε, χωρίς καχυποψία, λαμβάνοντας θρησκευτική εκπαίδευση, που ολοκλήρωνε την μεταμφίεσή τους. Με την πάροδο του χρόνου, οι kunoichi της Chiyome έμαθαν να χρησιμοποιούν αποτελεσματικά περισσότερες μεταμφιέσεις, όπως αυτή της ηθοποιού, της πόρνης ή της γκέισας. Αυτό τους επέτρεψε να κυκλοφορούν ελεύθερα εντός χωριών, των πόλεων, στα κάστρα και τους ναούς, ώστε να φτάσουν πιο κοντά στους στόχους τους. Τελικά, η Chiyome και οι kunoichi της είχαν δημιουργήσει ένα εκτεταμένο δίκτυο περίπου 200-300 πρακτόρων που υπηρετούσε την οικογένεια Takeda και ο Shingen ήταν πάντα ενημερωμένος για όλες τις δραστηριότητες, βάζοντας τον, ανά πάσα στιγμή, ένα βήμα μπροστά από τους αντιπάλους του, μέχρι τον μυστηριώδη θάνατό του το 1573.